Abstract
尋找在生物細胞中負責各生物程序(biological process)運作的重要的功能模組和他們運作的機制是了解生物細胞運作的必要步驟。雖然近年來，許多的基因表現量和分子交互作用的實驗資料已經被系統化的方法用來預測基因功能以及蛋白質交互作用。但是能用來找尋負責生物程序運作的共同協調合作的功能模組(coordinated functional module)以及分析其運作機制的系統化方法仍是缺少的。 在這個研究中，我們提出並且實作了一個系統化的方法去研究負責生物程序運作的重要共同合作的功能模組對。一對負責共同合作的模組(cooperative module)是指兩個功能模組其顯著的直接交互作用或是藉由其它負責生物程序的基因共同合作。藉由此系統化方法，我們找尋了對酵母菌細胞週期(cell cycle)具有顯著影響力的共同合作模組對，這些模組對的合作機制、交互作用以及其共同合作的基因都是細胞週期運作所不能缺少的。我們總共找到了101組的共同合作模組對，共由82個模組組成，因此我們可以建造了一個細胞週期特有的功能模組共同合作網路。在我們所找到的模組對中，分別有14對、36對、18對、15對、以及20對是顯著的分別和細胞週期G1早期、G1後期、S時期、G2時期、以及M時期被調控的基因有共同合作的關係。而且59個模組對是對調控細胞週期最重要的調控基因有顯著的交互作用。這個結果和之前的生物實驗研究相當符合，顯示出我們的方法的確可以有效的找出一個生物程序中重要的共同合作功能模組且分析其合作機制。 在此論文中，我們提出了一個新的系統化方法，可以用來找尋一個生物程序特有且重要的共同合作模組對以及用來建立此生物程序特有的功能模組共同合作網路。利用這個方法，我們不但可以研究細胞週期整體的運作，更可以研究功能模組在不同的生物程序中動態的合作的特性以及機制。