Abstract
尋找、辨識基因調控序列，在基因表現的探討研究上仍是十分重要的議題。目前有許多調控序列，被發現在基因表現上扮演著重要的角色，例如，轉錄因子結合位點和甲機化位點等。目前眾多的方法，其辨識率大多深受輸入序列總長以及調控序列多型性程度的影響。本篇研究利用調控序列特定位點必須保留的特性 （positional specificity），設計了一個有效的演算法，配合異種同源共同調控（多物種多基因）和組織特異的基因等後處理。並利用資料融合（data fuion）的原理，發展一套融合兩種基因調控序列特性的排序方法，以從眾多可能的調控序列中找出最具統計顯著性的代表。在啟動子模擬資料的測試下，此方法的準確性較不容易受到啟動子序列長度以及調控序列多型性程度的影響。在酵母菌共同調控基因群的測試中，亦有優異的結果。配合輔助資料的後處理，也能在人類肝臟特異細胞中，找到數個實驗上已證實的基因調控序列。 本研究亦以系統生物學的觀點，結合蛋白質交互作用與基因表現的資料，提出找尋共同調控基因群的方法。並將調控序列辨識的方法應用在互補基因間轉錄調控的探索上。結果顯示，轉錄調控的改編，的確是互補基因可能的機制之一，但其他層次的調控仍極有可能存在著。