Logo image
耐輻射奇異球菌中歧鏈胺基酸轉胺酶與磷酸吡哆醛複合物之晶體結構分析
Thesis

耐輻射奇異球菌中歧鏈胺基酸轉胺酶與磷酸吡哆醛複合物之晶體結構分析

黃天鋒
Masters, 國立清華大學, 物理系
2005

Abstract

歧鏈胺基酸轉胺酶
歧鏈胺基酸轉胺酶(Branched-Chain Amino Acid Aminotransferase ; BCAT)其功能為催化歧鏈胺基酸:白胺酸(leucine)、異白胺酸(isoleucine)和纈胺酸(valine)的轉胺作用。 抗輻射奇異球菌(Deinococcus radiodurans)歧鏈胺基酸轉胺酶(DrBCAT)基因被選殖和表現在大腸桿菌中。抗輻射奇異球菌為嗜極微生物(Extremophile),可以生長在游離輻射的環境,為了適應環境,其酵素應該會有比較特別的活性或穩定性。 本論文主要是利用X-ray繞射來解DrBCAT的3D晶體結構,在與其他已知的BCAT結構做比較。DrBCAT在非對稱性單元為一個二元體(dimmer),每一個單元體可以區分為N區域與C區域,這兩個區域分別包含3個α螺旋和6個β摺疊,而輔酶PLP是落在兩個區域之間。 利用DrBCAT的結構和不同物種BCAT的結構比較,探討其熱穩定性和受質反應速率的差異。(一)對於熱穩定性:已經知道Thermus thermophilus HB8 (HB8 BCAT)和大腸桿菌(eBCAT)的歧鏈胺基酸轉胺酶比DrBCAT穩定,從整體結構可以發現HB8 BCAT和eBCAT是屬於三元體分子堆疊形式,鍵結的氫鍵數分別為12對和6對,經過晶格對稱,可以看成為六元體分子堆疊形式,此六元體中包含和DrBCAT相似的二元體分子堆疊,鍵結的氫鍵數分為為10對和13對,故以單元體來看,形成六元體的分子堆疊會比形成二元體堆疊穩定,因為多了三元體氫鍵的鍵結。(二)受質反應速率的快慢:從結構的活性區域附近可以看出兩個明顯的不同,一個是主要反應位置Lysine202與輔酶PLP的距離約3Å,無法形成共價鍵結,是遠大於其他結構可形成共價鍵距離約1.37 Å。DrBCAT因為無法形成共價鍵的關係,這樣可能使受質可以直接與輔酶PLP反應,而不需打斷共價鍵後再反應,因此造成反應速率加快 ; 另一個是在受質附近的一個不穩定的Loop(173-179)上的一個相對胺基酸Tyrosine,它的位置正好是在受質反應區的開口處,可能也會直接影響到反應速率。

Metrics

1 Record Views

Details

Logo image