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Crystal Structure and Functional Studies ofTriosephosphate Isomerase from Helicobacter pylori
Thesis

Crystal Structure and Functional Studies ofTriosephosphate Isomerase from Helicobacter pylori

賴怡如
Masters, 國立清華大學, 生物資訊與結構生物研究所
2004

Abstract

磷酸丙糖異構酶 晶體結構 Triosephosphate Isomerase Helicobacter pylori 8 residue shorter
胃幽門螺旋桿菌是屬於革蘭氏陰性的微好氧細菌,目前已被證實與胃潰瘍、胃癌及慢性胃炎的引發有相當的關聯性。 磷酸丙糖異構□是細胞內糖解作用/葡萄糖合成代謝的重要酵素之一;此酵素會催化磷酸二羥丙酮異構化成3-磷酸甘油醛。 經由分析胃幽門螺旋桿菌的基因體,發現胃幽門螺旋桿菌的檸檬酸循環不完整並且缺乏乙醛酸循環,因此,葡萄糖成為胃幽門桿菌的唯一碳水化合物來源以及基質磷酸化(substrate level phosphorylation)的主要能量來源。 此外,磷酸丙糖異構□基因也曾經被報導過是在酸性引誘下會高度表現的基因。 我們藉由膠體過濾層析法和分析型超高速離心機來測定蛋白質在溶液中的四級結構狀態,結果傾向於二元體;在晶體結構分析上也觀察到同樣的結果。 我們利用分子置換法 (Molecular Replacement) 解出了磷酸丙糖異構□與磷酸結合的結構以及測定了磷酸丙糖異構□的酵素活性: Km= 2.92±0.19 mM, kcat = 5.4×104 min-1。 整個蛋白質結構主要是由七個 α螺旋和八個β摺板所組成的(β/α)β(β/α)6桶狀結構 (TIM barrel),而不是八個 α螺旋和八個β摺板的(β/α)8桶狀結構。 與其他磷酸丙糖異構□結構做比較, 胃幽門螺旋桿菌磷酸丙糖異構□的環6 (loop 6, residue158~171) 是封閉型,背部環6 (back loop 6, residue186~191) 較短,少了8個胺基酸。

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