Abstract
3D domain swapping 是一種蛋白質由自身三級結構交互作用而產生四級結構的機制，它可以被看作是兩個蛋白質結構彼此交換相同的區域而形成了彼此糾結的同質聚合物。 一般認為，只要蛋白質具有未被束縛之末端且條件合適，即可能發生3D domain swapping 之現象。 3D domain swapping首度被提出為一種蛋白質演化機制是在西元1994年，時至今日人們所解出結構的此種蛋白已增加了不少。 從目前的研究得知，3D domain swapping與演化上的蛋白質功能強化及蛋白質錯誤堆積沉澱疾病有關：如狂牛症、老人癡呆症等。越來越多學者思考著其結合過程與演化機制並嘗試找出其規律性以及人為的可能性。但礙於缺乏大量整合性資料，前人的研究通常都只在特定幾個例子上做討論。 由於3D domain swapping的蛋白質間常常彼此的序列相似度不高，無法單純使用序列比對；而傳統的結構比對在比對3D domain swapping上往往無法完整地偵測到正確的結構相似程度，本研究報告提出一種新的演算方法 — DS-SARST (利用 Ramachandran 序列轉換法協助搜尋蛋白質結構之區域交換現象)。DS-SARST利用RST線性編碼演算法，將蛋白質的3D結構轉變成1D的字串，利用這種有結構意義的字串來進行具有彈性且快速的搜尋比對。DS-SARST能夠從已有的蛋白質結構資料庫中，取出資料並偵測其3D domain swapping 現象。此外，利用DS-SARST，我們可以建立3D domain-swapping資料庫，有助人們對這類現象做進一步研究。