Abstract
癌症是一種細胞不正常的增生而造成腫瘤的一種複雜的疾病，是造成全世界死亡的原因之一，一般都是出於多種蛋白質的基因突變或途徑的失調。了解導致癌症的原因和其潛在的致癌機制，可以幫助對抗這種疾病。因此，在這篇論文中，我們使用了一個結合微陣列基因表現以及蛋白質交互作用和癌症相關功能資訊的系統生物學方法，從系統的觀點來進行研究。利用這樣的資料，結合一個簡單的線性迴歸模型以及系統鑑別與統計方法，可以分別建構四種癌症和其非癌症的蛋白質互動（PPI）網路。根據這個網路比較，並配合致癌相關值的計算，我們可以找到每種癌症重要的蛋白質，而從中皆擁有的部分稱為核心的網路標記以及每種癌症個別有的部分稱為特殊的網路標記。我們總共找出了二十八個共同的重要蛋白質，並藉此來了解形成癌症的機制和其扮演的重要角色。此外，也進一步去探討跟已知的生物途徑的關係，我們發現到七條共同的生物途徑和癌症的發生過程有緊密的聯繫，某些特定的癌症細胞還擁有特異的異常途徑。以上這些結果以及新的癌症樣本的測試，加強證明了我們的發現和方法，可以讓我們對於形成癌症的過程以及機制更加瞭解，更重要的是，我們找出的這些重要的蛋白質和途徑提供了可能的分子目標和治療癌症。