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The Role of Cysteine Residues of Arabidopsis thaliana Ku Heterodimer in DNA Ends Binding
Thesis

The Role of Cysteine Residues of Arabidopsis thaliana Ku Heterodimer in DNA Ends Binding

Lin, Chueh-Tsun
Masters, 國立清華大學, 生物資訊與結構生物研究所
2009

Abstract

阿拉伯芥 去氧核醣核酸末端結合 雙股去氧核醣核酸 雙股斷裂 電泳位移分析 非同源重組 Arabidopsis thaliana At DNA end-binding DEB Double-stranded DNA dsDNA Double-stranded breaks DSBs Electrophoresis mobility shift assay EMSA Non-homologous end joining NHEJ
對於所有的生物體而言,維持DNA的完整性是非常的重要。DNA可以受到許多內在或是外源性因子導致雙股DNA斷裂(DSBs);DNA雙股斷裂是十分致命的,假使修復的機制失效使得基因資訊損毀,最終將導致細胞死亡。因此,對於真核生物而言,DNA雙股斷裂修復是非常重要。生物體在對於雙股DNA斷裂的修復和偵測在演化上有兩個主要路徑;其一是同源重組(homologous recombination, HR),另一是非同源重組(non-homologous end joining, NHEJ)。同源重組是基於DNA的同源性(homology),並以之為板模(template)使其恢復基因資訊;非同源重組是將DNA斷裂雙股接合(ligation)使得在本質上較易於失去原本基因資訊的完整性;此外,對於具有較大基因組(genome)的生物體而言,非同源重組是較活躍地。西元1981年,Ku蛋白,於自體免疫疾病之日本病人血清中所發現,並以該姓氏前兩字為命名。在結構上,Ku是由兩次單體(subunit),其分子量分別接近70 kDa和80 kDa,以非共價鍵結方式結合。Ku蛋白除了參與DNA修復外,對於維持生物體內平衡(homeostasis)也扮演重要角色。 在NHEJ過程中,Ku蛋白是參與主要成員之ㄧ,擔任偵測DNA雙股斷裂並與末端結合和牽涉末端修復接合的角色;此外,研究指出,Ku在兩異次單元體結合(heterodimer)的狀態下始具有生理活性且處於穩定的狀態。先前研究指出,Ku對於雙股DNA(dsDNA)末端的結合與其半胱氨酸(cysteine)的氧化還原態有關;在本研究中,藉由阿拉伯芥(Arabidopsis thaliana)之Ku同源基因AtKu70和AtKu80的表現,探討AtKu蛋白半胱氨酸的修飾對於雙股DNA末端結合的改變。經由電泳位移分析(electrophoretic mobility shift assay, EMSA)分析發現,不論AtKu70次單元體或是AtKu80次單元體本身皆不具有對雙股DNA末端結合的能力,只有當複合體形成後始具有這項能力。單獨對AtKu70上半胱氨酸殘基(residue)進行修飾後再與AtKu80形成複合體其對雙股DNA末端結合有相當影響;當AtKu70- AtKu80形成複合體後再對其半胱氨酸殘基進行修飾,其降低結合能力更進一步下降,這其中可能牽涉到蛋白質構型(conformation)的改變;關於詳細的過程需要更進一步的研究。

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