Abstract
APMED是一前導化合物，其結構類似DNA鹼基對，可嵌入DNA的雙股結構達到結合效果，期許發展為DNA的標靶藥物。DNA在不同細胞內，或位於不同的細胞週期，DNA可能具有不同的立體結構。本文選定表面電漿共振儀(SPR)與恆溫卡熱計(ITC)進行實驗，共同對APMED與不同DNA形式之間的親和力進行探討。SPR藉由偵測晶片上DNA與APMED反應的質量變化，推算兩者之間的親和力；ITC利用APMED對DNA進行滴定，偵測滴定過程中微弱的熱焓變化。本研究首先利用SPR比較APMED在不同DNA長度上的結果差異。利用18bp與30bp進行實驗，在短序列18bp對APMED的結合得到較高的親和力。接著探討晶片的重複固化對於APMED與DNA結合的影響，發現再生後晶片的DNA固化，反應後使得APMED結合的訊號上升，推測再生反應破壞晶片表面的齊整度，降低了不同實驗結果之間的 和 差異，導致最終的親和力趨向一致性。最後希望採用λ-DNA應證上列長度結果，卻發現λ-DNA表面電漿共振晶片上的固化不易，於是採用ITC對λ-DNA進行APMED的相關探討。將λ-DNA經65℃加熱後形成鏈狀λ-DNA。利用ITC得到18bp、30bp和鏈狀λ-DNA對於APMED的親和力較為接近，環狀λ-DNA所得到的親和力結果比鏈狀λ-DNA小，推測DNA長度對於親和力的影響不如立體結構。於是分析環狀、鏈狀λ-DNA對APMED結合情況的不同，發現環狀λ-DNA在三維空間中的摺疊，可能提供了更多APMED的結合位，但降低了環狀λ-DNA對於APMED的親和力，說明了18bp、30bp和鏈狀λ-DNA，在對於APMED親和力大於環狀λ-DNA的結果。整理SPR與ITC的結果，藉由本研究中探討多種DNA型式與APMED的親和力結果及相關分析，希望能更幫助了解APMED在DNA上的結合情形，以及未來應用在DNA相關藥物的發展方向。