Abstract
本篇論文分為三部分：第一部份也是本文最主要的部分是混合量子/分子力學的計算。我們以FORTRAN電腦語言發展出一相當強大的程式軟體，稱之為 DynDyn。此程式包括了許多功能，如可以執行分子動力學的模擬(MD)，也可以做能量最小化的計算。還可以做自由能擾動 (Free EnergyPerturbation, FEP) 以及半經驗分子軌域之計算。另外為了使我們的程式能更方便使用，我們也加入自動優化經驗參數的功能。我們將這種混合計算的方法應用到水溶液中極化能以及酵素中的質子轉移反應之計算。我們所得到的結果顯示我們的方法是相當成功的。第二部份則是電腦分子模型之建構。我們的主題是建構出蛇毒唾液中之毒蛋白與肝燐脂 (heparin)相互結合的模式，藉以輔助實驗結果的解釋。第三部份我們則是利用一半經驗計算化學軟體—ZINDO，去計算p-nitrophenol分子光譜在不同溶液中之改變。p-nitrophenol分子本身是sulfotransferase酵素催化反應的一個受體/抑制物。